如果吴国桢能顺应形势，对蒋介石的谈话做出明确服从的表示，将对蒋介石的忠诚扩大到蒋二代身上，对蒋经国采取合作态度，他与蒋经国便可暂时“和睦相处”，相安无事，这对他在台湾的政治生命是大有裨益的。但吴国桢的态度让蒋介石感到失望，为了蒋二代能顺利接班，蒋介石将那么多大陆时期权贵清理掉，为蒋经国接班扫除障碍，岂能容许吴国桢与蒋经国作对？
吴国桢任“省主席”后，与另一实力派重要人物陈诚也有颇多龃龉。1950年3月陈诚出任“行政院长”，吴国桢感到“省、院”之间难以相处，认为陈诚对于当初将“省主席”一职交给他耿耿于怀，就想急流勇退，便上书蒋介石请辞“省主席”，后经台湾大学校长傅斯年从中说合才同意留任。
陈诚主政中枢，但“中央政府”下辖的三个省中，浙江只有舟山、大陈，福建只有金门等岛，只有台湾省是一个完整的省份，如此一来，省主席与行政院长管辖的地盘便相差无几，“省院”之争便在所难免。凡敏感问题如金融、物价、人事等，双方常常意见相对，或相互推诿责任，或相互攻讦。