事情的发展有迅雷不及掩耳之势。当袁崇焕处心积虑地解决他认为尾大不掉的毛文龙时，后金抓住这一有利时机，在安抚了漠南蒙古之后，皇太极亲率十万大军，绕开袁崇焕重兵防守的宁远和锦州，从辽西经蒙古地面，由蓟门一带明军防守的薄弱地带入侵。当皇太极的大军越过喜峰口长城兵临距北京只有两三百里的遵化城下时，袁崇焕才如梦初醒，急忙亲率主力进入山海关增援。
这时的北京早已人心惶惶。崇祯二年十一月初四，也就是袁崇焕星夜驰往关内的前一天，山海关总兵赵率教为免北京被围的困境，在遵化与皇太极激战，不幸战败而全军覆没。次日，也就是袁崇焕大惊之余入关那天，遵化守军崩溃，巡抚王元雅自杀，副总兵朱来同等人弃城逃跑，总兵朱国彦与夫人一同自杀。朱国彦自杀前，把临阵脱逃将领的名字一一书写在案。
几个月前，袁崇焕在平台召问时，信誓旦旦地向崇祯表示五年平辽，刚愎而又多疑的崇祯正是看在这一点上，才对袁崇焕冒失诛杀毛文龙不加计较。而今，不但平辽成泡影，后金大军竟然兵临城下。崇祯气恼之余，还多了一种被欺骗的愤怒。崇祯一面起用孙承宗守卫京师，一面下令调外地军队勤王。事已至此，如果袁崇焕能够及时打退皇太极，估计崇祯虽然仍会对他心怀不满，但多半不至于将他撤职，更不至于下狱。可怕的是，袁崇焕一不小心又犯了个错误——导致他犯这个错误的，不是能力，而是他的忠心。