孔融曾经扬言“有天下者，何必卯金刀”。卯金刀就是繁体的“刘”字。这就是谋反的论调。按说这个罪名已经足够大了，但曹操觉得不够“十恶不赦”，于是继续找理由。
孔融曾和祢衡互相吹嘘，祢衡赞孔融，说你是“仲尼不死”；孔融则回赞祢衡，说你是“颜回复生”。这就有点不尊重祖宗的嫌疑了。
然而，孔融还有更出位的话。当年曹操屠徐州城，打的旗号是“为父报仇”，汉朝“以孝治天下”，他是为了标榜自己这么做没毛病。孔融和陶谦关系不错，于是替他出面说话：“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳！子之于母，亦复奚为？譬如寄物瓶中，出则离矣！”大概意思就是说，父亲对孩子是没有爱的，只不过是情欲勃发时的一个产物而已。母亲对孩子，就好比是瓦罐里装的东西，东西拿出来了，跟瓦罐就没啥关系了。
这下子，不忠、不敬、不孝都齐了，这些罪名，意在证明孔融的人品有很大的问题，曹操不仅要消灭孔融的肉身，还要彻底毁掉孔融的名誉，让他死得无比难看。因此，曹操在布告上写道：“融违反天道，败伦乱礼，虽肆市朝，犹恨其晚。”
“杀你，都杀得晚了！”这应该是曹操的真实心声。
孔融被害时，他的女儿七岁，儿子九岁，因年幼得以保全。寄养在别人家中。二子下棋，孔融被捕，不为之动。左右的人说：“父亲被逮捕，不起，为什么？”答说：“哪里有巢毁坏了卵不破的呢？”主人给肉汁，男孩口渴喝了。女孩说：“今天这样的祸，难道能够久活，还要知道肉味吗？”哥哥号哭而止饮。有人对曹操说了此事，于是曹操一发狠全都杀掉。