由于埃及在经济和文化教育方面均超过叙利亚，统一后，以专家和技术人员为名义的埃及人源源拥入，他们在工业、金融、农业和其他部门占据重要地位，埃及的资本也加紧渗入。纳赛尔所推行的“阿拉伯社会主义”实施的国有化运动，使叙利亚民族资产阶级受到沉重的打击。
埃及军方借统一的名义，加强对叙利亚军事力量的控制。埃及军队驻扎叙利亚，一部分叙利亚军队调往埃及，不少高中级军职人员被调动或免职，甚至让一些年轻军官退役领取养老金，还将一部分原叙利亚军队的武器装备调运到埃及。叙利亚军人对这些行动十分不满。还有，叙利亚的军政和经济大权大多操纵在埃及人手里。在叙利亚地区，除少数坚定的纳赛尔主义者外，大多数叙利亚人由不满埃及人的控制转向反对叙、埃合并。可埃及的情报机构和埃及舆论，掩盖了事情的真相，使纳赛尔和其他埃及领导人仍沉醉于阿拉伯统一事业的梦幻之中，造成了无法挽救的错误。