后至元二年（1336年），时任中书平章政事的彻里帖木儿提议废除科举，并建议把学校庄田改为供应卫士衣食的处所。没想到这个错误的提议竟然得到了伯颜的支持。当时的御史吕思诚等人联名上疏，反对废除科举制，结果却被贬官。参知政事许有壬指责伯颜说：“太师主持朝政，应该把培养人才的事放在首位，怎么能同意废除科举制呢？如果废除了科举，那天下有才华的人一定会失望的。”伯颜却认为，汉人的科举制度与蒙古固有的选官之法相矛盾，通过科举选拔出来的官吏都是些赃官无补于国家，所以力主废除科举制度。
耿直的许有壬也没有就此停止争论，他认为，从前没有实行科举的时候，大臣中贪官污吏也不少，所以贪官并不都是科举制造成的。同时，科举选官与传统的选官相比并不占主导地位，二者并没有什么妨碍，况且科举制度已经实行了几十年，这是祖宗遗留下来的制度，如果不是弊多利少，不应该轻率的被废除。尽管许有壬据理力争，但是妥懽帖睦尔还是在伯颜的怂恿之下，颁布了停办科举的诏书。
妥懽帖睦尔对伯颜十分的宠信，经常赐给他金帛珍宝以及田地房产，甚至还把历朝皇帝的服饰赏赐给他作为特别的礼物。不仅伯颜得到了重用和封赏，另外还下令封伯颜的弟弟马札儿台为王。马札儿台本是武宗手下的臣子，后来侍奉了仁宗。虽然与伯颜是亲兄弟，但与伯颜却完全不同，他为人谦和，低调。听说皇帝妥懽帖睦尔颁布了对自己的封赏，他极力地推辞说：“臣的哥哥已经被封为秦王，臣不应该再接受王爵，太平王的事情，陛下应该接受教训，引以为戒。”结果妥懽帖睦尔还是任命马札儿台做了太保，分枢密院镇守北方。