翁同龢离开后，皇帝的身边出现了权力空缺，而新晋进士康有为在此时填补了进来。此时的康有为尽管早已因公车上书，鼓吹新政而誉满京城，但与翁同龢相比，却缺乏成熟的政治能力，不仅对复杂的宫廷政治不够了解，更对帝后母子之间复杂而又微妙的关系知之甚少。此种情形之下，康有为将光绪皇帝直接推向了慈禧的对立面。
在变法开始之前，康有为就认为，变法本原，非自京师始，非自王公大臣始不可，他主张对整个清政府上层官僚机构动一次手术，首要目标就是阻碍新政的慈禧班底。礼部尚书怀塔布成为康有为手术刀下的第一人。怀塔布扣留了下级官员条陈新政的奏折，载湉抓住这个机会，以阻碍新政的名义，将怀塔布等礼部六堂官一并革职。礼部尚书怀塔布是慈禧的心腹，而礼部是清廷的议事机构，这是慈禧留在载湉身边的重要耳目。
罢免礼部旧官员之后，载湉迅速改组礼部，换上了杨锐、谭嗣同等4名维新派官员授以四品卿衔，并以赐其在军机处行走的形式，使维新派官员有了直接参与军国大事的资格。然而，载湉并不满足于裁撤几个官僚机构，他要把改革向更深的层次推进。康有为进一步建议，在既有体制之外，另行成立一个议政中心，取代清廷政治决策中心军机处，培植自己的政治力量，为变法另辟蹊径。