虽然括号内前者都是大家想要达到的目标，自私（理性选择）的结果却是大家不得不接受后者。小朋友仍在自己玩自己的玩具，虽然慢慢有点厌烦；韶华已逝的男女偶然发现当年对方暗恋的都是自己，徒呼奈何；你扔垃圾我也扔垃圾的结果是公共走廊难以找到下足之地；怕下属营私而事必躬亲的老板丧失了业务机会；怕对方违约的商人自己也没有做成买卖；怕竞争对手降价后独占市场的商家们竞相杀价，把一个又一个行业做烂；怕吃亏的国家之间也是永远战火绵连。可谓“你我谁不是囚徒，天下何处无困境！”
囚徒困境还适用于我国的环境污染问题。应该说，有些企业很清楚环境污染的危害，也不愿意这么做，但在很多情况下却被迫放弃污染治理。这是为什么呢？我们作个假设，即政府没有严格的管制，那么企业为了追求利润最大化，就必然会以牺牲环境为代价。如果其中一个企业家良心发现，自愿投资治理污染，那么他的生产成本必然增加，从而不得不提高产品价格，最后，在市场上失去竞争力，导致破产。由此，所有的企业最终都会进入纳什均衡状态。