明代的蒙古文化虽然历经战乱的破坏，但仍在曲折之中取得一定的发展。特别是俺答封贡后，与明朝建立和平的通贡互市关系，随后又将西藏的黄教引进蒙古，进一步加强蒙古与中原、西藏及邻近地区的联系，广泛吸收各民族文化的养料，蒙古经济和文化的发展更为显著。
在蒙古地区，蒙古人主要仍从事传统的畜牧业。手工业在明中后期日趋发达，主要是经营为畜牧业服务的畜产品加工、生产工具和生活用具及武器的制造。俺答汗时期，由于大量引进汉藏的工匠，城堡、宫殿、寺庙建筑业也在兴起，并制造犁、铧、锄、镐、镰刀、磨臼等农具和粮食加工工具，编织、刺绣、首饰加工等也得到进一步的发展。农业生产在明初受到战乱的严重破坏，只有兀良哈三卫、吐鲁番、哈密以及天山以南地区，仍有部分蒙古人在从事耕作。嘉靖年间，俺答汗招引大批汉族农民和反明士兵进入土默特地区，使漠南蒙古的农业获得了长足的进步，“耕种市廛，花柳蔬圃，与中国无异”[6]。
蒙古地区在元代除固有的萨满教外，由于统治阶级对各种宗教采取宽容与尊礼政策，佛教、道教、伊斯兰教、基督教、犹太教也纷纷传入。至明代，萨满教又复盛行于东西蒙古，除进入天山以南的蒙古人信奉伊斯兰教外，其他宗教皆趋于衰落。嘉靖年间，俺答汗多次率兵进入青海，征服当地的蒙古人、撒里畏兀儿人（今裕固族）和一些藏族部落，并令其子丙兔率部留居青海。青海是藏传佛教后弘期的复兴基地，格鲁派（黄教）的祖师宗喀巴就是在那里诞生的。俺答汗开始与黄教发生接触，并在万历六年（1578年）在察卜齐雅勒（在今青海共和县）的仰华寺与索南嘉措（第三世达赖喇嘛）会见，将黄教引入蒙古。此后，黄教逐渐取代萨满教的主宰地位，成为蒙古人普遍的宗教信仰。