９月４日，刘伯承又一次写信给院党委，提出反对教条主义的方法。他说：“在检讨时必须发扬民主，进行恰如其分的批评和自我批评，肯定哪些是对的，就继续发扬；否定哪些有错误和缺点的，就改正。不要过分追究个人责任，作过火的斗争……如说有错误，那是院长、政委主要领导者的责任。”
由此可以看出，刘伯承对于反对实际工作的教条主义倾向，态度是明朗的、诚恳的，是实事求是的，也是勇于承担责任的。
从９月１０日开始，军事学院党委学习五个文件，进行思想整顿。１０月上旬，刘伯承在出席中共“八大”会议之后，回到南京，主持召开了院党委扩大会，总结检查全院工作，并召开战役系学员座谈会，听取对学院工作的意见。
当时，学员反映比较强烈、意见比较集中的问题有两个：一个是“６小时一贯制”的课业制度，感到不符合中国人的生活习惯，吃不消；一个是“三堂会审”的考试制度，感到太紧张，太严格。当初，刘伯承坚持制定这两项制度，出发点是对学员严格要求，让学员学得更多一些、更好一些。他考虑，学员都比较年轻，大部分在３０岁左右，应该让他们多学点东西，这于国防事业，于他们个人成才都有好处。后来，在执行过程中，由于学员们一再提出意见，刘伯承曾多次派人到地方高等院校调查，不断加以改进。例如，在上午４小时课后加一餐点心，解决“吃不消”的问题。这次，根据学员们的意见，对这两项制度又做了更大的改动，把“６小时一贯制”的课业制度改为８小时学习制，在考试方法上，进一步增加了考查学员理论联系实际能力的内容。还对教材内容、讲授方法也进行了改革，受到学员们的普遍欢迎。