汉末农民起义利用民间道教作为发动和组织群众的工具，这一历史事实给了后代封建统治者以深刻的教训。因此，曹丕代汉称帝的第二年（221年），便下诏修孔庙，封孔子后裔为侯，推崇儒学。次年又颁发敕文，指出老子只是古之贤人，位居孔子之下，告诫地方官提防民间奉老子为神。黄初五年（224年），又正式下诏禁止一切有违儒家礼教祀典的民间祭礼活动。魏明帝青龙元年（233年），又再次重申了这一规定。西晋建立后，统治者继续沿袭曹魏对民间宗教活动的禁令，并派大臣巡视四方，检查各地的执行情况。原始道教原本就是流行于民间的宗教组织，而且以驱鬼治病、消灾祈福为主要内容，魏晋统治者对民间宗教活动的严厉禁止无疑是对原始道教的打击。但是，仅仅依靠行政命令是无法彻底使宗教灭迹的。原始道教的诸多派别仍在各地传播。
（一）五斗米道组织的分化
建安二十年（215年），曹操统领大军攻入汉中，张鲁率其家族部众投降，五斗米道的上层人物进入曹魏政权，大批信徒则北迁到关陇、洛阳、邺城等地。脱离了故地的五斗米道随着时间的推移，产生了分化。上层人物不断向官方靠拢，更加强调儒家忠孝仁义的封建伦理纲常规范，以维护封建统治者的利益。散布在各地的五斗米道则各自为政，不遵旧法，出现了组织涣散、号令不一的状况。这样，原本是东汉后期发展最成熟的民间道教组织五斗米道，尽管在魏晋之际活动区域随着信徒的迁徙而扩大到北方地区，但由于封建政权对民间宗教活动的限制和五斗米道自身的分化，使得难以发展，陷入了相对停滞的状况。