康熙皇帝意欲派遣八旗劲旅平定叛乱，但朝内出现分歧意见。汉官左佥都御吏魏象枢反对自京发兵，说“圣人舞干羽而有苗格,何必劳师于远?贼至，我逸待劳，即可息弭矣。”满族朝臣虽然在撤藩问题上意见分歧，但在派兵平叛上意见却一致。他们当面反驳说“贼逼城下始出兵御敌，有是理乎”。汉大臣反对自京派兵，主要是担心“军需浩繁”,不胜负担，所以建议“就近调兵御守”。户部尚书米思翰答道“贼势猖獗，非绿营兵所能克制，宜以八旗劲旅会剿。军需内外协济，足支十年，可无他虑。”最后，康熙皇帝决定出兵平叛。
康熙皇帝力图将战事控制在云南、贵州、湖广(今湖南、湖北)三省之内。派前锋统领硕岱率每佐领前锋一名，兼程前往咽喉要地荆州(今湖北江陵)防守，以固军民之心，并进据常德(今湖南常德),以遏制叛军北进。接着，命西安将军瓦尔喀率副都统一员，悉领骑士，选拔将领，星驰开赴四川，坚守自滇入川险隘之地，待大军进剿云南时与提督配合，相机进讨。因广西近邻贵州，授孙延龄为抚蛮将军，以线国安为都统，令统兵固守。为了集中力量打击吴三桂，及时下令停撤耿、尚二藩，召回梁清标和陈一炳。